A presença do grupo amino impede o metabolismo oxidativo do aminoácido para a produção de energia. Por isso, a etapa fundamental para o aproveitamento energético dos aminoácidos é a remoção do grupo amino, que pode ser reaproveitado para outras vias de biossíntese de compostos nitrogenados ou excretado do organismo na forma de amônia ou ureia. O metabolismo dos aminoácidos ocorre principalmente no fígado e músculos esqueléticos.