O primeiro programa foi levado ao ar, em 20 de agosto de 1997, foi um dos episódios da série "De bem com a Vida", produzido pela Coordenação Nacional de DST/AIDS, da Secretaria de Políticas de Saúde. Desde então o Saúde na Escola já faz parte da grade de programação da TV Escola. Na implantação do Canal, cada escola pública com mais de 100 alunos recebeu um kit, composto por uma antena parabólica para sintonizar o canal e um vídeo-cassete. Sua programação exibe, durante 24 horas diárias, séries e documentários estrangeiros, produções da própria TV Escola, e é dividida em faixas: