Devido à ocupação agricultura|,o desmatamento modificou sensivelmente a vegetação original do Estado. Atualmente, as florestas ocupam um décimo do território fluminense, concentrando-se principalmente nas partes mais altas das serras. Há grandes extensões de campos produzidos pela destruição, próprios para a pecuária, e, no litoral e no fundo das baías, registra-se a presença de manguezais (conjunto de árvores chamadas mangues, que crescem em terrenos lamacentos).
