Os lisossomos são organelas cujo conteúdo é ácido - com pH em torno de 5,0 - e suas enzimas digestivas apresentam atividade máxima nesta faixa de pH.Considerando-se que a célula necessita gastar energia (na forma de ATP) para manter este pH ácido no interior da organela, aparentemente seria mais fácil que as enzimas lisossômica fossem ativas em pHs em torno de 7,0, que é o pH do citossol. Qual seria, pois, a vantagem evolutiva para a existência desta diferença de pH entre o interior dos lisossomos e o citossol?

Primeiro devemos saber o que é uma enzima.
-São organelas com capacidade de realizar alguma função,por meio de reações químicas ou de forma mecânica.

Então sabemos o que é uma enzima,agora devemos analizar como o meio influência em seu funcionamento:

Concentração de Substratos: quanto maior a concentração de substratos (matéria prima),mais rápida e eficiênte será o funcionamento da enzima,pois ela terá materia prima de fácil acesso.Porém há um limite de eficiência,pois chegará uma hora que ela estará em sua produção máxima e não adiantará aumentar a concentração de substrato.

Temperatura: quanto maior a temperatura de alguma substância,maior a sua agitação e maior a chance da enzima "esbarrar" com o substrato,formando uma interação,também tem o fator da energia cinética necessária para o acontecimento da reação. Porém há uma temperatura máxima que uma reação enzimática pode ocorrer,pois em temperaturas muito elevadas a taxa da eficiencia enzimática diminiu ou se torna nula.

pH: as enzimas também possuem uma faixa de pH em que ela funciona.Ph muito elevado inativa as enzimas,o mesmo ocorre em pH muito baixo.

Agora vamos a sua pergunta:

Os lisossomos tem como função armazenar enzimas digestivas.Elas são utilizadas em processos de defesa do organismo,quebra de algumas moléculas,e o processo de apoptose(morte celular).
Essas enzimas funcionam na faixa de pH 7.Quando estão armazenadas no lisossomo,ficam abaixo do pH de funcinamento,se tornando inativas.

Qual a vantagem disso?
No citossol da célula que possui pH 7, há várias outras enzimas que funcionam nesse pH.Essas enzimas são responsáveis pela produção de energia,sintese e quebra de compostos,e as mais diversas funções celular,e devem ficar ativas sempre.
Se as células digestivas ficassem soltas no citossol,estariam sempre em funcionamento,pois estariam na sua faixa de pH de funcionamento que é 7. Isso acarretaria na destruição celular.