A garantia da qualidade das fases pré-analítica, analítica e pós-analítica pode ser obtida pela padronização das atividades envolvidas, desde o atendimento ao paciente até a liberação do laudo. Com isso, pode-se alcançar a qualidade que se almeja e, com a gestão da qualidade, garanti-la. Para isso há basicamente duas formas de controle de qualidade: o controle interno de qualidade (CIQ) e o controle externo de qualidade (CEQ). Ambos de implementação obrigatória em um laboratório de análises clínicas de acordo com a RDC no 302. Todas essas atividades no laboratório devem ser documentadas por meio de procedimentos operacionais padrão (POP) ou instruções de trabalho (IT), que deverão estar sempre acessíveis aos funcionários envolvidos nas atividades. Os sistemas de CIQ mais empregados nos laboratórios são aqueles que usam gráficos e padrões de conformidade e de não conformidade. São eles: